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こんにちは、既知のことかも知れませんが、kernelのデフォルと設定の
影響で、PPSハンドリングが正しく有効化されていなくて精度がでてい
ないケースとお見受けしました。Tickless System (Dynamic Ticks) を
OFFにすると精度が一段とあがります。
http://bugs.ntp.org/show_bug.cgi?id=2314

更に
echo "performance" > /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_governor
setserial /dev/ttyAMA0 low_latency
をいれるとppbの世界となります。 お試しを。